关于解除劳动合同和违约金问题我单位是…

关于解除劳动合同和违约金问题我单位是国企,为应届生办理了北京户口,签订5年劳动合同,同时双方签订补充协议,服务期如不满,按一定金额支付违约金。现一名应届生在入职一年后提出辞职,按协议规定应交纳4万元违约金,他提出这不符合劳动合同法,不愿承担。现距他提出辞职报告已快1个月,工作也交接完毕不来上班了。他又提出要开具解除劳动合同的证明,请问公司应当如何保障自己的权益?